São realizadas capacitações presenciais de três cursos, o SEI-Usar, SEI-Administrar e SEI - Implantar. Cada um dos cursos será ministrado uma vez ao mês, na Enap, em Brasília/DF, de acordo com o cronograma disponibilizado. Excepcionalmente, poderão ser abertas mais turmas, cabendo ao MP analisar a possibilidade de oferta.

As aulas serão práticas, com simulações e aplicação de exercícios em sala de aula. A carga horária sugerida é de 8h para o curso SEI-Usar e de 16h para o curso SEI-Administrar.

Cada turma contará com um instrutor e será formada por 25 alunos. A quantidade de alunos poderá ser aumentada, caso haja a participação de um monitor em sala de aula.

Os instrutores serão indicados pelo MP, selecionados entre servidores dos órgãos que utilizam o sistema. A compensação pelas horas/aula será acordada entre o MP e o órgão de lotação do servidor.

As turmas serão compostas por representantes dos órgãos que estão na fase de implantação do SEI, e que serão responsáveis por disseminar o conhecimento em seus órgãos.

A infraestrutura mínima necessária para a execução dos cursos presenciais é:

Laboratório com acesso à internet;
Projetor;
Computador para o instrutor;
Computador para o aluno;
Ambiente virtual de treinamento.

A emissão de certificados ocorrerá por demanda, mediante solicitação do aluno.