A equipe do PEN promove os seguintes cursos presenciais:

SEI-Usar: apresenta uma visão geral do Processo Eletrônico Nacional (PEN); proporcionar conhecimentos iniciais das operações do SEI e operações básicas com processos; apresentar as relações entre informações, operações básicas com documentos; explicar como funciona o bloco de assinaturas e usuários externos. Para este curso, o público-alvo é o servidor de qualquer área de atuação dentro do órgão ou entidade, que possua perfil adequado para atuarem como multiplicadores do conhecimento na instituição;

SEI-Administrar: apresenta a administração SIP (cadastro do órgão e de unidades, montagem de hierarquia, cadastro e permissão de usuários, perfil e recursos), administração SEI (assinatura de unidades, órgãos, editor, tipos de documentos). Para este curso, o público-alvo é o servidor da área de gestão documental, administrativa, negócio, processo ou da área de TI;

SEI-Implantar: apresenta uma visão geral do Processo de Implantação do SEI, componentes de software, configurações do sistema (base de referência; parametrização do SIP e do SEI), carga e sincronização de usuários e unidades, agendamentos, backup. O público-alvo para este curso é o  servidor necessariamente da área de TI.